1945年8月,中国人民经过八年浴血奋战,取得了抗日战争的伟大胜利。为了迅速恢复教育,南京开办了三所国立临时中学。南京五中的前身是国立第二临时中学,于1945年10月筹建,12月1日开学。翌年8月,学校改归市属,更名南京市第五中学。1951年春,南京青年会中学并入南京五中。

  上世纪五十年代,五中遵循和贯彻陶行知先生的“平民教育”思想与“行知合一”理念,注重理论联系实际和启发思维,大力开展各项学科活动和文体活动,取得了显著的办学成果。1953年学校被确定为江苏省首批14所省级重点中学之一。学校工作走上了以教学为中心、全面贯彻教育方针的正确轨道。

  改革开放以来,五中继续坚持正确的办学理念,制定明确的奋斗目标,加强教师队伍建设,不断完善学校管理,已把五中办成一所拥有优美校园环境、深厚文化底蕴、高水平教师队伍、优良校风校纪和出色教学质量的重点中学。1997年初,南京五中再度进入江苏省重点中学行列。2005年初,学校被命名为江苏省四星级普通高中。2013年3月学校更名为南京市第五高级中学。

  2011年五中确立“人文高中”的发展方向,以培养“志存高远、基础宽厚、身心健康、具有较高人文素养和科学素养的新一代公民”为目标,积极谋求内涵发展,不断推进有自身特色的校本课程建设,促使学校办学效益不断攀升。

  近年来学校获得的部分荣誉:

  当前,五中全校师生正满怀热情,在已取得成绩的基础上,进一步推进素质教育,深入进行课程改革和课堂教学改革,为将五中办成全校师生愉快的学园、成长的乐园、温馨的家园;为实现“建设内涵丰富、特色鲜明南京市一流的人文高中”办学目标而努力奋斗。